L'Istituto di Scienze Religiose "Maria, Madre della Sapienza" vanta una lunga storia di presenza e di attività culturale nella città di Conversano e nella intera Diocesi. La sua costituzione è avvenuta agli inizi degli anni '80, quando la comunità diocesana, in risposta ad una esigenza di formazione teologica avanzata dagli operatori pastorali delle parrocchie, diede vita ad una vera e propria "Scuola di Teologia" in collaborazione con alcuni docenti dell'"Istituto Teologico Pugliese" di Molfetta.
Questa realtà si innestava su precedenti tradizioni culturali, storicamente collocate a cavallo tra l'Ottocento e il Novecento, promosse dai Vescovi di Conversano, che vedevano impegnata la comunità diocesana nella formazione teologica degli studenti di teologia della stessa diocesi e di altre diocesi pugliesi, prima ancora che sorgesse l'istituzione del Pontificio Seminario Teologico Pugliese. Il primo rettore, infatti, del Seminario Regionale Pugliese fu proprio il Vescovo di Conversano, Mons. Antonio Lamberti, riconosciuto a livello regionale come uno dei maggiori esperti nella formazione dei futuri presbiteri.
Tale attenzione dei Vescovi non era rivolta solo agli aspiranti al sacerdozio, ma anche alla formazione dei laici. A Conversano, infatti, subito dopo l'Unità d'Italia, veniva istituito un Liceo Classico Parificato e un Collegio, che ospitava tutti gli studenti provenienti non solo dalla Puglia ma anche dalle regioni limitrofe. Il Liceo, tutt'ora esistente come Liceo Classico Statale, mantiene l'intestazione del suo maggior promotore: canonico Domenico Morea. Il Collegio, invece, diventato successivamente sede del Seminario Vescovile, ha continuato la sua azione formativa fino alla fine degli anni '70. 
Proprio l'esigenza di formare persone qualificate anche a servizio delle parrocchie, che soggiaceva alle antiche istituzioni, è stata la base su cui si è andati a istituire nel 1983 dapprima la Scuola di Teologia e, in un secondo passaggio, l'Istituto di Scienze Religiose, che ha ricevuto l'approvazione della Conferenza Episcopale Italiana il 9 settembre 1986, ad triennium et ad experimentum, e il 10 luglio 1993, in forma definitiva.
In questi anni l'Istituto si è occupato principalmente della formazione dei futuri insegnanti di religione cattolica nelle scuole, ma ha offerto la competenza teologica dei propri docenti sia per la formazione dei candidati al diaconato permanente sia per la formazione degli operatori pastorali.
La consapevolezza, derivante all'Istituto dalla sua proposta educativa e dalle radici culturali che lo sostengono, ha spinto la Direzione a promuovere tutte le forme di collaborazione possibili con gli altri organismi diocesani, con le istituzioni civili e culturali presenti sul territorio e con la stessa Università degli Studi di Bari. Con quest'ultima si è intrapreso un rapporto di collaborazione sui temi della bioetica e su approfondimenti di problematiche sociali.
A sottolineare la collaborazione attuata con i vari organismi diocesani si esemplificano alcune iniziative. Con l'Ufficio per l'Educazione e la Scuola sono stati attivati per un intero quinquennio corsi di teologia finalizzati all'aggiornamento degli insegnanti di scuola elementare e materna che, in possesso dell'idoneità, nella scuola primaria si sono resi disponibili ad insegnare religione cattolica nelle proprie classi. Con l'Ufficio per le Comunicazione Sociali sono stati attivati corsi seminariali sulla comunicazione. Con l'Ufficio per l'Ecumenismo sono stati realizzati annualmente degli incontri di studio e di preghiera a carattere ecumenico con un'attenzione particolare all'ebraismo. Con gli Uffici diocesani rivolti al mondo del lavoro e della politica sono stati realizzati dei corsi di dottrina sociale della Chiesa. Con la Caritas diocesana è stato attivato un corso di teologia e pastorale della carità.
La vitalità dell'Istituto si è manifestata e continua a manifestarsi nelle pubblicazioni scientifiche, raccolte nei Quaderni dell'Istituto e nella Collana Radici della Comunità. Proprio queste pubblicazioni hanno visto l'Istituto collaborare con l'Abbazia benedettina "Madonna della Scala" di Noci e con l'Editrice "Vivere In" con sede in Roma e in Monopoli.
Il Vescovo diocesano, Mons. Domenico Padovano, avvertendo l'importanza di tale istituzione, ha potenziato la struttura dell'Istituto investendo notevoli energie economiche per la ristrutturazione della sede e per una maggiore fruibilità della biblioteca (fornita di parecchi volumi di alto pregio storico e di una grande quantità di libri e di collane teologiche, di scienze umane e di storia) aperta agli alunni dell'Istituto, al seminario diocesano e al pubblico. Nello stesso contenitore è collocato anche l'archivio storico della Diocesi. 
Un'attenzione particolare è stata dedicata alla formazione dei docenti dell'Istituto favorendo la loro partecipazione ai corsi di aggiornamento realizzati da istituti nazionali specializzati sulle varie discipline.
Intendimento del Vescovo e degli organismi collegiali della Diocesi è di rendere l'Istituto un punto di riferimento per il progetto culturale orientato in senso cristiano, così come i Vescovi italiani ribadiscono negli Orientamenti per il primo decennio del nuovo millennio. A questo scopo il Vescovo ha offerto alla Radio diocesana "Radio Amicizia" e all'organo mensile di informazione diocesana "Impegno" due sedi nello stesso complesso dove ha sede l'Istituto di Scienze Religiose.
Questi motivi hanno spinto il Vescovo a presentare la richiesta di riconoscimento dell'Istituto alla Facoltà Teologica dell'Italia Meridionale, perchè ritenuta sul piano accademico un riferimento forte ed essenziale per tutta l'Italia meridionale e sul piano culturale capace di valido dialogo con le istituzioni del Mezzogiorno d'Italia.
La domanda di riconoscimento è stata accolta e in data 28 novembre 2001 la Pontificia Facoltà Teologica dell'Italia Meridionale ha riconosciuto l'Istituto approvandone gli Statuti e il Regolamento.
Il riconoscimento ha permesso all'Istituto non solo di dialogare in maniera più agevole con l'Istituto Superiore di Scienze Religiose "Odegitria" di Bari, ma di procedere a stipulare con lo stesso una Convenzione in data 8 aprile 2002.