Le grotte che sorgono numerose nel territorio di Triggiano hanno restituito diverse testimonianze del suo popolamento in epoca neolitica. Al III secolo a.C. risalgono invece i ritrovamenti, tra i quali la tomba scoperta nel 1902 in contrada San Lorenzo, che fanno ritenere plausibile l'esistenza di un agglomerato urbano. Tuttavia, la prima testimonianza scritta della città risale al 983 d.C., quando l'arcivescovo Pavone concede a Leone, figlio di Argiro, la pieve di San Martino in loco Triviani. Il nome Trigiano appare invece in un testamento del 1054

Sulle origini del toponimo sono state formulate almeno tre ipotesi, nessuna delle quali è peraltro suffragata da prove documentali. La prima lo fa derivare da quello dell'imperatore Traiano, che promosse la realizzazione della via consolare Traiana che attraversava la Puglia da Beneventoa Brindisi, lambendo il territorio triggianese. Una seconda congettura è quella secondo cui Trivianus sta ad indicare il trivio formato dall'intersezione di via Ponte, principale asse viaria interna all'abitato, con le attuali via Carlo Alberto e via della Marina Vecchia, strade dirette rispettivamente verso Bari e verso la costa. La prevalenza ora dell'una ora dell'altra ipotesi ha determinato per lo stemma comunale l'alternanza fra effigie dell'imperatore romano e la stilizzazione di tre strade intersecantesi. La storiografia recente ritiene tuttavia più plausibile una terza ipotesi, che attribuirebbe l'origine del toponimo al nome di qualche possidente di epoca romana (forse chiamato Trebius) che aveva ampi possedimenti nella località.
Nel 1466, la costituzione dell'universitas triggianese sanciva l'ottenimento di una certa autonomia amministrativa da Bari, ufficializzata poi con lo statuto concesso nel 1543 dalla duchessa di Bari Bona Sforza. Nel 1557 Bona Sforza donò Triggiano ai Pappacoda, che la reggeranno in qualità di principi fino al 1768. A partire dal XVI secolo fu avviato lo sviluppo di un borgo in muratura, esterno alle mura col fossato che delimitavano il castrum originario. Secondo lo storico locale Battista, questa rinascita urbanistica avvenne in concomitanza con l'insediamento a Triggiano di una colonia greco-albanese attirata dalle terre che l'universitas concedeva per favorire il popolamento del centro abitato.

Dopo il 1768 il titolo di principi di Triggiano passò alle famiglia Filomarino e poi ai Brancaccio.