La Fondazione è intitoata a Giuseppe Di Vagno (1889-1921), primo Deputato al Parlamento Nazionale vittima, nel 1921, della violenza fascista.

Formalmente costituita alla fine degli anni ’70 da un gruppo di giovani intellettuali dell’area Socialista (ma non impegnanti organicamente nel Partito), ebbe da subito finalità esclusivamente culturali. L’esperienza fu idealmente ispirata dall’operato dell’Istituto di cultura socialista “Giuseppe Di Vagno” animato a Bari dallo storico Antonio Lucarelli sul finire del 1943.

Nel 2003 l’attività della Fondazione venne rilanciata a Conversano per l’intuizione di Gianvito Mastroleo. Come sede fu concessa dal Comune un'area del Monastero di San Benedetto.

Negli ultimi dieci anni la Fondazione si è impegnata in attività di ricerca storica e approfondimento culturale. In particolare si è dedicata all’indagine della figura politica di Di Vagno e degli atti del processo a carico dei suoi assassini, esplorando a fondo il mondo del socialismo pugliese del ‘900.

Un’attività molto fertile che ha portato l’istituto ad essere iscritto nella Tabella triennale del Ministero dei Beni e delle attività culturali sin dal 2009.

In particolare, avvalendosi del Comitato di indirizzo scientifico, la Fondazione ha tracciato nuovi ed aggiornati indirizzi di attività e ricerca, stabilendo di:

- recuperare la Memoria della ricca tradizione democratica e socialista della Puglia, foriera di autorevoli dirigenti nazionali e rendendola fruibile agli Istituti storici contemporanei, scuole, Università e Dipartimenti di Storia, biblioteche esistenti nelle singole regioni;

- organizzare iniziative, anche itineranti, mirate ad approfondire temi dell'attualità politica e culturale attinenti al pensiero socialista e riformista e alla cultura democratica;

- realizzare studi e ricerche su problemi dell'attualità socio-economica e socio-politica, quali la questione meridionale nella moderna prospettiva europea, le riforme istituzionali e il federalismo;

- predisporre adeguati strumenti di ricerca per gli studiosi al fine di un approfondimento più consapevole delle conoscenze storiche;

- organizzare oltre alla Biblioteca, che oggi conta oltre 10.000 volumi, un Archivio storico che raccoglie Fondi di illustri dirigenti socialisti e dell’area democratica della Puglia.

La Fondazione intrattiene intensi rapporti di cooperazione con tutte le altre istituzioni culturali presenti in Puglia, in particolare con istituti culturalmente affini, come l'”Istituto pugliese per l'antifascismo e la Storia contemporanea” e la Fondazione “Gramsci di Puglia”.